Juan se convirtió en rey de Sajonia tras la muerte de su hermano Federico Augusto II el 9 de agosto de 1854.

La Organización Judicial de 1855, la ampliación de la red ferroviaria, la introducción de la libertad de comercio se atribuyen principalmente a su sugerencia y promoción. Bajo su gobierno, vino la aceptación del Tratado Comercial francés (1862) y el reconocimiento de un contrato con Italia. Se esforzó bajo la influencia de su ministro Friedrich Ferdinand von Beust para la Gran Solución Alemana (de: Großdeutsche Lösung ) del arreglo imperial (bajo la inclusión de Austria). En 1866, Sajonia luchó en el bando austríaco en la Guerra Austro-Prusiana . Finalmente, después de la derrota de la batalla de Königgrätz , Sajonia se unió a la Confederación de Alemania del Norte.y en 1871 el Imperio Alemán bajo la hegemonía del Reino de Prusia. El Rey murió dos años después, a los setenta y un años.

Más allá de su trabajo político, Johann estaba ocupado con la literatura. Con el seudónimo de Philalethes tradujo al alemán La Divina Comedia de Dante ; algunas partes de este trabajo se colocaron en el Schloss Weesenstein . El distrito de Dresde de Johannstadt recibió su nombre.